PHP化のメリット「再構築時間の短縮」を享受すべく、ブログ記事部分を外部PHPファイルにして、それを読み込ませる設定を行いました。

参考サイト：
Movable Type 備忘録「MovableTypeをPHP化する」
の「共通な部分を外部ファイルにする」部分

以下、MovableType4.21版の手順です。（4.25版でも問題なく完了しました）

（１）管理画面「デザイン」→「テンプレート」
アーカイブテンプレート項目の、「アーカイブテンプレートを作成: 」で「ブログ記事」をクリック。

（２）テンプレートを作成
一番上の入力欄に「エントリー・本文」と入力。
「挿入する」タブから「本文（entrybody）」を選択。すると「<$mt:EntryBody$> 」が自動入力される。そうしたら「保存」ボタンをクリック。

（３）テンプレートの設定
「テンプレートの設定」タブをクリック。アーカイブマッピング「新しいアーカイブマッピングを作成」をクリック。
さらに、種類「ブログ記事」タブ右の「追加」ボタンをクリック。
「パス」タブから「カスタム」を選択し、「%y/%m/entry%E-body%x」と入力し、保存。

ここで全体を再構築。

（４）<$mt:EntryBody$>コード差し替え
全テンプレート中の<$mt:EntryBody$>を、以下のコードに差し替え。
※実際は改行せず一続きで。

<?php readfile('<$MTBlogArchiveURL$><$MTEntryDate format="%Y/%m"$>/entry<$MTEntryID$>-body.php');?>

差し替えたら、保存して再び全体を再構築。

以上です。

ポイントは（４）。差し替えのコード冒頭を、

<?php include・・・
では上手く行かなかったので、

<?php readfile・・・
としました。

どちらにするかは、以下のサイトに詳しく解説されています。

小粋空間「Movable Type の PHP モジュール化の仕組みについて（その1〜その４）」